পারমাণবিক বিদ্যুৎ কেন্দ্রের নিরাপত্তা (Security) নিশ্চিতকরণ এবং Physical protection সংক্রান্ত প্রয়োজনীয় অবকাঠামো প্রতিষ্ঠা করা একটি অতীব গুরূত্বপূর্ণ বিষয়। এ সকল বিষয়ে জাতীয় এবং আন্তর্জাতিক পর্যায়ের দায়বদ্ধতা রয়েছে। এরই ধারাবাহিকতায় রূপপুর পারমাণবিক বিদ্যুৎ কেন্দ্রের মত অতীব গুরুত্বপূর্ণ পারমাণবিক স্থাপনার ভৌত নিরাপত্তা নিশ্চিতকল্পে বাংলাদেশ সরকার কর্তৃক যুগোপযগী পদক্ষেপ গ্রহণ করা হয়েছে। দেশের নিরাপত্তা বিশেষজ্ঞ ও বিভিন্ন আইন প্রয়োগকারী সংস্থার সদস্যবৃন্দের সমন্বয়ে গঠিত এক্সপার্ট ওয়ার্কিং গ্রুপ রূপপুর পারমাণবিক বিদ্যুৎ কেন্দ্রের জন্য Design Basis Threat (DBT) বিশ্লেষণের মাধ্যমে Physical Protection System  (PPS)-প্রতিষ্ঠার লক্ষ্যে Conceptual design of  PPS for Rooppur NPP-র ড্রাফট প্রস্তুত করেছে। এক্ষেত্রে আন্তর্জাতিক পরমাণু শক্তি সংস্থা (IAEA)-র গাইডলাইন ও বাংলাদেশ পরমাণু শক্তি নিয়ন্ত্রণ কর্তৃপক্ষ (BAERA)-র আইনী বাধ্যবাধকতা ও বিভিন্ন দেশের পারমাণবিক স্থাপনার ভৌত নিরাপত্তা পদ্ধতির অনুসরণ করা হয়েছে।

রূপপুর পারমাণবিক বিদ্যুৎ কেন্দ্রের সার্বিক নিরাপত্তা বিধান এবং প্রকল্প বাস্তবায়নে সহযোগিতা প্রদানের জন্য রাজশাহী বিভাগীয় কমিশনারের নেতৃত্বে একটি মনিটরিং টীম গঠন করা হয়েছে।